美国《华盛顿邮报》的文章指出，原住民寄宿学校里普遍存在虐待、疾病和营养不良现象，很多儿童甚至遭受性侵犯。此外，原住民寄宿学校还多次发生儿童死亡事件。美国内政部2022年估计，已经确定至少500名原住民儿童死于这类寄宿学校，随着调查的深入，该数字会达到数千甚至上万。

美联社报道指出，150多年来，美国政府迫使印第安原住民儿童离开自己的社区并进入寄宿学校，以将他们同化于白人社会，给原住民儿童造成的创伤已经波及数代人。如今在美国印第安人保留地中十分严重的酗酒、吸毒成瘾和性虐待等问题，同这段历史有脱不开的干系。美国天主教主教们在一份关于原住民事务指导方针的文件中写道：“许多原住民家庭永远无法从这些悲剧中恢复，吸毒、虐待、遗弃、忽视导致家庭支离破碎。”

丹佛美国印第安人委员会联合主席雷文·佩门特说，在任何背景下，这些寄宿学校都不能称之为“学校”，而是“同化的集中营”。他认为，在这些学校里，原住民儿童“被奴役、被虐待”，“教育只是同化和强迫劳动的附属品”。美国历史学家布伦达·蔡尔德指出，必须永远记住，原住民寄宿学校的目标是同化，“这些学校并不是为了让印第安人受益，而是美国历史上种族主义教育的一种形式”。

u2竞技体育全美原住民寄宿学校治愈联盟主席露丝·布法罗曾在北达科他州一所天主教寄宿学校就读。她表示：“这一道歉看似迈出了良好的第一步，但令人失望的是，这份文件没有提到寄宿学校里的性侵犯以及儿童死亡问题。”原住民权利倡导组织“NDN集体”首席执行官尼克·蒂尔森认为，主教们的道歉“并不认真”，承认这一问题的严重性需要采取行动，而不是仅说声“对不起”。

位于美国宾夕法尼亚州的卡莱尔印第安工业学校是一所知名的原住民儿童寄宿学校。该校创始人理查德·亨利·普拉特曾提出“消灭其印第安人身份，拯救这个人”的口号。在普拉特的学校里，原住民儿童被迫剪头发、改名字、禁止说本部落语言，被严苛的纪律约束，违反者将遭受体罚和单独监禁。普拉特的学校与办学理念成为全美各地原住民寄宿学校的范本。

从1819年推出针对印第安人的《文明开化基金法》开始，美国制定了一系列法律和政策，推动在全美建立原住民寄宿学校，强制印第安儿童入学，以抹掉他们身上的民族特性，摧毁他们的文化根基。一份文件显示，在联邦政府参与或支持下，全美各地曾建立500多所原住民寄宿学校，其中87所学校由天主教教会开办。